تصنف النباتات البذرية إلى مجموعتين رئيسيتين هما:
النباتات عارية البذور (Gymnosperms): وهي النباتات التي تحتوي بذورها على هياكل غير مغلقة، مثل الأشجار الصنوبرية.
النباتات مغطاة البذور (Angiosperms): وهي النباتات التي تحتوي بذورها داخل ثمرة أو مبيض مغلق، مثل الزهور والنباتات المزهرة