سبب استخدام الميكروسبوريديا كمبيد حشري هو أنها تسبب أمراضاً للحشرات. تعتبر هذه الكائنات الدقيقة فعالة في معالجة الآفات الزراعية، حيث تُستخدم للتقليل من أعداد الحشرات الضارة بشكل بيولوجي ودون التأثير السلبي على البيئة أو المحاصيل نفسها. الميكروسبوريديا تعمل على إضعاف الحشرات المصابة وتؤدي إلى موتها، مما يساعد المزارعين في إدارة المحاصيل وحمايتها من الأضرار الفادحة التي يمكن أن تسببها الآفات.